Les bactéries appartenant aux genres Bacillus et Pseudomonas sont très utilisées en tant qu’agents de biocontrôle. Leurs activités de protection des plantes se font notamment en relation avec la production de métabolites secondaires. Selon les métabolites, le mode d’action peut être i) direct, par inhibition de la croissance de l’agent phytopathogène ciblé, ou ii) indirect, via l’induction des mécanismes de défense des plantes. En effet, certains métabolites bactériens, alors qualifiés d’éliciteurs, peuvent induire une résistance systémique. Ce processus, apparenté à une immunisation des plantes, rappelle la vaccination chez les animaux. Les métabolites secondaires impliqués dans ces activités sont notamment des composés amphiphiles tels que les rhamnolipides ou les lipopeptides, ainsi que des polycétones. Ces composés présentent une diversité structurale importante liée à leur mode de biosynthèse, qui, pour les lipopeptides et pour bon nombre de polycétones, est réalisée par des complexes multi-enzymatiques ou mégaenzymes modulaires fonctionnant comme des chaînes d’assemblage. Mieux comprendre les voies de biosynthèse et les mécanismes d’action des métabolites secondaires et leur rôle dans la protection des plantes permettrait d’identifier d’autres microorganismes efficaces pour le biocontrôle.